台湾前总统马英九提出“两岸关系必须相信（中国大陆国家主席）习近平”惹议后，国民党总统候选人侯友宜再解释，现阶段的两岸局势与马英九任内已不同，他的许多主张也与马英九不一样，并表明“在我任内不会触及统一问题”。
马英九1月6日接受德国之声专访时强调，缓和两岸紧张须和平对话而非武力备战，更表示就两岸关系而言，必须相信习近平。马英九言论惹议后，侯友宜立马出面澄清，他的想法与马英九有些不同，强调自己从过去到现在都坚守台湾民主自由制度，反对一国两制。
综合台湾《联合报》《中国时报》报道，侯友宜星期四（1月11日）早上在国际记者会上被问及如何看待习近平、会否答应习近平邀约前往北京时，进一步解释道，现阶段的两岸局势和当年马英九任内已经不太一样了，尤其民进党执政下两岸军事风险升高是不争的事实。
侯友宜说，面对不一样的两岸关系，他对中国大陆的任何意图“从来没有存在不切实际的想法”，会务实、稳健地看待。
至于过去马英九曾在新加坡与习近平会晤，侯友宜称，马英九的很多主张、意见都和自己不同，两岸领导人要会面，也要台湾有社会共识，对台湾才有帮助。他强调，“在我任内不会触及统一问题”，但“无论习近平是什么样的状况，我们会做好万全的准备”。
针对记者问及侯友宜多次定义这场选举是“和平与战争”的选择，意味着会不会有战争的决定性因素在于台湾，台海目前最大责任在谁身上？侯友宜回应称，面对中国大陆的军事挑衅，台湾都会给予谴责，但“一个巴掌拍不响”，民进党政府没有面对台海紧张加剧的风险，导致两岸交流不断减退，彼此严重仇视。
他强调，无论是谁造成的，未来的总统都要想办法改变，让两岸以交流增进理解。
