台湾澎湖“大进满88号”渔船星期二（7月2日）违法捕鱼，被中国大陆海警登检扣留。台湾海巡署三艘巡防艇赶往救援，却面临比其吨位大出10倍以上的七艘大陆海警船包围窘境，仓皇撤离。
台湾官方罕见低姿态且迅速定调，将责任归咎“大进满88号”渔船“越界”作业，大陆委员会等相关部会皆强调，会“透过各种管道”与大陆沟通，希望相关人员尽快平安回来。
这几天又相继传出台湾渔船被大陆海警船广播驱离，过去坚称会护渔的海巡署为避免冲突扩大，反而要求台湾渔船撤离，渔民痛骂“要政府何用？”也埋怨台湾政府未妥善处理2月金门撞船事件，才会导致大陆强硬执法，影响渔民生计。
根据海巡署的资料，大陆在2003年、2005年和2007年，依违反“伏季休渔”规定曾登检扣留17艘台湾渔船，其中11艘在缴清罚款后两天就被释放，六艘在双方协商后人船获释。但据报道，“大进满88号”五名船员已被提报刑事拘留，显示此事不易善了。
事件发生后，亲绿的《自由时报》星期二独家报道，“中国海警船闯金门外海，强行登检澎湖渔船硬带回中国”，文内提及大陆破坏长久以来两岸默契，指责大陆海警船动作挑衅意味十足。星期三头版头条标题却是“澎湖渔船金门外海越界作业，中国海警强行登船带回中国”，海巡署也在当天记者会证实，“大进满88号”被登检的位置位于陆方“领海”内，期望大陆能比照过去从轻发落。
《自由时报》并引述不具名党政人士的话，否认大陆强硬执法是要报复台湾赖清德。该报也引述国安人士说法，称案发地非台湾管辖范围，此时正逢大陆休渔期间，确实存在违反“他国”规定风险，将透过两岸管道协助渔民尽速获释。
这样的反应，对长期主打“抗中保台”的民进党政府实在罕见，乃至民进党立委苏巧慧等人在第一时间惯性反应，痛骂大陆“现在不只是侵门踏户，甚至直接当街掳人？！”被网友洗版揶揄“翻船了！”
包括海巡署和农业部渔业署对媒体说明也相互矛盾。海巡署承认台船“越界”捕捞，渔业署署长张致盛上午表示，该海域多年来都是共同作业的区域；下午改口称，该海域作业存在高风险，请渔民注意海上作业安全。
自称“务实台独工作者”的赖清德，从5月20日就职以来，已提过五次“中华民国与中华人民共和国互不隶属”的“新两国论”，两岸关系已是前所未有的严峻。陆委会副主委兼发言人梁文杰近日更称两岸实质就是“两个国家”，大陆国台办指责陆委会有关言论再次暴露出民进党官方顽固坚持“台独”分裂、不断进行挑衅对抗的本质。
陆委会主委邱垂正星期四（7月4日）赶紧出席例行记者会灭火，强调“两岸关系就是两岸关系”。前总统马英九肯定这是赖政府执政至今，第一次有大陆事务相关的部会首长，明确把两岸关系从“两国”拉回“两岸”。他认为，两岸关系危机四伏，呼吁赖清德把台湾民众的安全与福祉放最优先，公开宣布两岸关系不是两国关系。
长期与民进党友好的华府智库“德国马歇尔基金会”亚洲计划主任葛来仪，以及“战略与国际研究中心”（CSIS）亚洲安全高级研究员林碧莹，近日也于《外交事务》（Foreign Affairs）杂志上发表文章，警告台海危机已“迫在眉睫”，探讨华盛顿应如何缓和两岸之间的紧张关系。
此时“大进满88号”渔船遭大陆扣留，让两岸局势更加紧张微妙。美国国务院星期三（7月3日）表示，正在密切注意此事发展，鼓励双方维持沟通管道畅通，并以和平方式解决此一事件。唯赖清德迄今未对此事发表任何谈话。
大陆此次虽严格执法，但大陆视台湾为中国的一部分，并不认为有所谓“越界”问题，而是一艘台湾省籍渔船违反伏季休渔规定。
中国评论新闻社报道，目前居中协调的澎湖地区两岸交流协会理事长、在野国民党澎湖县党部主委陈双全表示，此事已上升为两岸的政治问题，私底下协调已无法适用，泉州方面正等待中央政府进一步的指示。
换言之，此事可能成为两岸关系的指标之一，赖清德若以“两岸”关系和大陆交涉，此事尚有转寰余地；若仍坚持“新两国论”，此间已有些声音要国民党袖手旁观，想看看赖清德如何能在两岸官方管道完全中断的情况下把人救回来？
