在测到台湾花莲发生七级以上强震后，日本气象厅随即在第三分钟时紧急对南部诸岛发出海啸警报，范围包括冲绳本岛以及周围的与那国岛、西表岛、石垣岛等。冲绳岛上面向大海的那霸机场也暂停客机起降，导致一系列的航班取消和延误。
据了解，在海啸警报发出后约17分钟，与那国岛观测到最大30厘米的海啸。石垣岛和宫古岛也观测到海啸。不过，官方没有发现这些地区遭受到任何灾害。海啸警报在中午时分解除。
据报道，在听到警报后，冲绳本岛和宫古岛、八重山等地的居民和游客纷纷前往地势较高的地方避难。冲绳岛那霸市一名57岁妇女说，“我看到大家往地势较高的地方去避难，我们担心来不及逃了，只好爬楼梯到公寓楼顶。”
据日本气象厅研判，台湾附近板块移动过程十分复杂，这次应该是一种称为“逆断层”的地震。该厅警告，未来一周内，有可能发生同等级别的地震和海啸。
日本防卫部门在地震后派遣自卫队飞机到冲绳县上空检查情况，管辖冲绳海域的第11海上保安厅也派出两架直升机、两架飞机以及17艘巡逻船，调查冲绳县内海是否有受损情况，以及确认周围船舶的安全。官方最后报道，未发现任何重大损害。
